არაგვის დაცული ლანდშაფტის ფაუნა ნაკლებადაა შესწავლილი, თუმცა მრავალფეროვანი ლანდშაფტური მახასიათებლებისა და სხვადასხვა ჰაბიტატების გამო, სავარაუდოდ, ისიც მრავალფეროვანია. ხერხემლიანების ყველაზე კარგად ცნობილ ჯგუფებთან დაკავშირებით, ფშავ-ხევსურეთის ეროვნულ პარკში აღნიშნულია 55 სახეობის ძუძუმწოვარი, 132 სახეობის ფრინველი, 9 სახეობის ქვეწარმავალი და 6 სახეობის ამფიბია. დაახლოებით მსგავსი რაოდენობის სახეობებია მოსალოდნელი არაგვის დაცულ ლანდშაფტში, რომელიც ესაზღვრება ეროვნულ პარკს სამხრეთიდან, ზოგიერთი მაღალმთის სახეობის სავარაუდო არარსებობით და დაბალი სიმაღლეების ზოგიერთი სახეობის არსებობით.
მსხვილი მტაცებლები მიეკუთვნება ძუძუმწოვრების უმნიშვნელოვანეს სახეობებს – მურა დათვი (Ursus arctos), ნაცრისფერი მგელი (Canis lupus) და ფოცხვერი (Lynx lynx); სხვა მტაცებლები და ინდიკატორული სახეობები – გარეული კატა (Felis silvestris) და ევრაზიული წავი (Lutra lutra), ასევე არ უნდა იქნას უგულებელყოფილი. ჩლიქოსნებს შორის, არჩვის კავკასიური ენდემური ქვესახეობა (Rupicapra rupicapra caucasica) ყველაზე ღირებულია. ორი სხვა ჩლიქოსანი სახეობის – აღმოსავლეთ კავკასიური ჯიხვის (Capra cylindricornis) და ნიამორის (Capra aegagrus) პოტენციური არსებობა აღნიშნულია არაგვის დაცული ლანდშაფტისთვის. თუმცა, თუ არის რომელიმე, ეს სავარაუდოდ ძალიან მცირეა და შემთხვევითი. რამდენიმე ენდემური სახეობის მცირე ზომის ძუძუმწოვარი (განსაკუთრებით ბიგები და მემინდვრიები) მოსალოდნელია დაცული ლანდშაფტის ტერიტორიაზე.
მნიშვნელოვანი ფრინველები წარმოდგენილია ორი ენდემური ქათმისნაირი სახეობით – კავკასიური როჭო (Tetraogallus caucasicus) და კავკასიური სვავი (Tetrao mlokosiewiczi), მსხვილი მტაცებელი ფრინველებით – განსაკუთრებით ორბი (Gyps fulvus), სვავი (Aegypius monachus), ბატკანძერი (Gypaetus barbatus) და მთის არწივი (Aquila chrysaetos) (ყველა მათგანი შეტანილია საქართველოს წითელ ნუსხაში), ან ბეღურასნაირთა რამდენიმე ენდემური სახეობით (მაგ. ღობემძვრიები Phylloscopus nitidus და Ph. lorenzii). აღსანიშნავია ასევე მაღალი სიმაღლეების ზოგიერთი სხვა ფრინველი – გიულდენშტედტის ბოლოცეცხლა (Phoenicurus erythrogastrus), დიდი კოჭობა (Carpodacus rubicilla), კლდეცოცია (Tichodroma muraria), რქიანი ტოროლა (Eremophila alpestris) ან მთის მწვანულა (Serinus pusillus). ტერიტორია ასევე მნიშვნელოვანია ფრინველებისთვის მიგრაციის დროს (განსაკუთრებით მიგრირებადი მტაცებლების კონცენტრაციები).
რეგიონში გვხვდება რამდენიმე ქვეწარმავალი, მაგ. ეკლიანკუდა ხვლიკი (Darevskia rudis), გველგესლები Vipera kaznakovi ან V. dinniki და სხვ. თუმცა, აშკარაა, რომ კარგად ცნობილი ჯგუფების სიებიც კი (მაგ. ქვეწარმავლები, ფრინველები ან მცირე ზომის ძუძუმწოვრები) ჯერ კიდევ ძალიან არასრულია და ძირითადი მონაცემები ცხოველთა მრავალ სხვა ჯგუფზე, განსაკუთრებით უხერხემლოებზე (მაგ. მნიშვნელოვანი ბიოინდიკაციური ჯგუფები, როგორიცაა პეპლები ან კალიები), თითქმის ან სრულიად არ არსებობს.
შემდეგი სახეობები შეირჩა როგორც საკვანძო/სამიზნე სახეობები არაგვის დაცული ლანდშაფტისთვის. ხერხემლიანების უმრავლესობა მოხსენიებულია როგორც კავკასიის ეკორეგიონის პრიორიტეტული სახეობები და შეტანილია საქართველოს წითელი ნუსხის სახეობებში (გარდა როჭოსი და კატისა). გარდა ამისა, მათგან ბევრი ასევე არის მომიჯნავე ეროვნული პარკის სამიზნე სახეობა. მათი გავრცელება, როგორც მნიშვნელოვანი “ქოლგა სახეობებისა”, გათვალისწინებული იყო არაგვის დაცული ლანდშაფტის ზონირების მომზადებისას.
უთხოვარი (Taxus baccata) საქართველოს წითელი ნუსხის ეს სახეობა იშვიათად არის გავრცელებული საშუალო მთის სიმაღლეების შერეულ ფოთლოვან ტყეებში. არაგვის დაცულ ლანდშაფტში ის ბუნებრივად გვხვდება ტყეებში სოფელ აფშოს ქვემოთ და ციცაბო დასავლეთ ფერდობებზე მთავარი გზის ზემოთ პირველი ზონის მე-4 სეგმენტში (შარახევის ხეობა და მიმდებარე ტყეები) კანატიასთან.
ყველა ნაპოვნი უთხოვრის ხე საკმაოდ ახალგაზრდაა. ეს ფაქტი შეიძლება მიუთითებდეს, რომ წარსულში უთხოვარი სავარაუდოდ იყო შერჩევითი ჭრის ობიექტი მისი მერქნის გამოყენების მიზნით. მიუხედავად იმისა, რომ ადგილობრივი უთხოვრის პოპულაციები საკმაოდ მცირეა და ხეები ახალგაზრდაა, ჩანს, რომ ისინი ამჟამად პირდაპირ არ არიან საფრთხის ქვეშ. ნებისმიერ შემთხვევაში, სრულად გაზრდილი ხეების (და ახალგაზრდა ინდივიდების) ნებისმიერი ჭრა მკაცრად უნდა აიკრძალოს.
პირამიდული ორქიდეა (Anacamptis pyramidalis) სახეობა, რომელიც მგრძნობიარეა მდელოების მართვის წესისა და ინტენსივობის მიმართ, მიუთითებს სათანადოდ მართულ მდელოებზე ზომიერი ძოვების წნეხით საშუალო მთის სიმაღლეებზე. ჯერჯერობით ცნობილია მისი გავრცელების მხოლოდ ორი ადგილი – მდელოები ჩარგლის ზემოთ და საძოვრები ხომის ზემოთ.
საფრთხის შემქმნელი ფაქტორებია ინტენსიური ძოვება, ან მდელოების მიტოვება და შემდგომი დაბუჩქება და დატყევება.
გვარი Parnassius-ის პეპლები ფართო ტერიტორიაზე შეიძლება გვხვდებოდეს გვარის სამი სახეობა – Parnassius apollo, მსგავსად შეფერილი, მაგრამ უფრო პატარა P. nordmanni და P. mnemosyne. უკანასკნელი დაკავშირებულია ძირითადად ნათელ ფართოფოთლოვან და შერეულ ტყეებთან Corydalis სახეობების ქვეტყით, რომლითაც იკვებებიან მისი მუხლუხოები. P. nordmanni ასევე იკვებება სხვადასხვა Corydalis სახეობით და გვხვდება ღორღიან და ქვიან ფერდობებზე და ალპურ მდელოებზე 3000 მ სიმაღლემდე.
P. apollo-ს ჰაბიტატები მოიცავს ქვიან ადგილებს, კლდეებს და მსგავს ჰაბიტატებს მეჩხერი მცენარეულობით, რომლითაც იკვებებიან მუხლუხოები (Sedum და Sempervivum sp., Hylotelephium caucasicum). ზრდასრული ინდივიდები გვხვდება ძირითადად სახეობებით მდიდარ მდელოებზე 2000 მ სიმაღლემდე. ჩვენ დავადასტურეთ ეს სახეობა როგორც ფშავ-ხევსურეთში (სუბალპური მდელოები ჩალისოფლის, ბარისახოსა და მატურას ზემოთ), ასევე გუდამაყარში (სუბალპური მდელოები ბურსაჭირის ზემოთ).
სამივე სახეობა ძალიან მგრძნობიარეა ტრადიციული მართვის ცვლილებებისა და სატყეო მეურნეობისა და სოფლის მეურნეობის ინტენსიფიკაციის მიმართ. მაგალითად, P. apollo-ს სჭირდება როგორც დარღვეული ადგილები მეჩხერი მცენარეულობით მუხლუხოებისთვის (საფრთხე ბუჩქებითა და ხეებით გადაზრდის), ასევე სახეობებით მდიდარი მდელოები საკმარისი ნექტრით ზრდასრული ინდივიდებისთვის ივნისსა და ივლისში (საფრთხე გადაძოვებისა ერთი მხრივ და ძოვებისა და თიბვის მიტოვების მეორე მხრივ).
მდინარის კალმახი (Salmo fario) საქართველოს წითელი ნუსხის სახეობა ბინადრობს გამდინარე წყლებში და შეიძლება გამოდგეს როგორც წყლის ხარისხის კარგი ინდიკატორი მათში.
საფრთხეს უქმნის განსაკუთრებით წყლის ხარისხის გაუარესება, წყალსატევების ფრაგმენტაცია და უკანონო თევზჭერა.
კავკასიური როჭო (Tetraogallus caucasicus) ენდემური სახეობა, რომელიც მხოლოდ დიდ კავკასიონზე ბინადრობს, გვხვდება უმაღლესი მთის ქედების გასწვრივ, განსაკუთრებით კლდოვან ჰაბიტატებში, და იზამთრებს დაბალ სიმაღლეებზე.
არაგვის დაცულ ლანდშაფტში როჭოს არსებობა კარგადაა ცნობილი მთელი ტერიტორიის უმაღლეს სიმაღლეებზე, მაგრამ განსაკუთრებით დაცული ლანდშაფტის ჩრდილოეთ საზღვრის გასწვრივ.
მურა დათვი (Ursus arctos) მნიშვნელოვანი ინდიკატორული სახეობა, რომელიც ასახავს ეკოსისტემებისა და ბიომრავალფეროვნების მდგომარეობას და დგას როგორც უმაღლესი მტაცებელი კვების ჯაჭვში კავკასიის უმეტეს ჰაბიტატებში. ის ბინადრობს ტყეებში დაბალი სიმაღლეებიდან ტყის ზედა საზღვრამდე, მაგრამ გვხვდება ასევე მაღალმთის საძოვრებზე. მისი კავკასიური პოპულაცია მკვეთრად შემცირდა ბოლო ათწლეულებში, ბრაკონიერობა და ჰაბიტატების დაკარგვა არის მთავარი საფრთხეები.
არაგვის დაცულ ლანდშაფტში მურა დათვი გვხვდება მთელ ტერიტორიაზე, მაგრამ უპირატესობას ანიჭებს განსაკუთრებით ტყეების, ბუჩქნარებისა და მდელოების მოზაიკას შორეულ ხეობებში.
ევრაზიული ფოცხვერი (Lynx lynx) კავკასიის სამი უმაღლესი მტაცებლიდან ერთ-ერთი, მურა დათვთან და მგელთან ერთად. მისი ზუსტი გავრცელება, პოპულაციის რიცხოვნობა და ტენდენციები უცნობია, მაგრამ ის მიჩნეულია ერთ-ერთ პრიორიტეტულ სახეობად საქართველოში. ბრაკონიერობა შეიძლება იყოს მთავარი საფრთხე ფოცხვერისთვის.
არაგვის დაცულ ლანდშაფტში ფოცხვერის გავრცელება მოსალოდნელია ყველა შესაფერის ჰაბიტატში მთელ ტერიტორიაზე.
გარეული კატა (Felis silvestris) ეს სახეობა მიუთითებს კარგი ხარისხის ფოთლოვან და შერეულ ტყეებზე, ხეების სახეობების შესაფერისი შემადგენლობით, სივრცითი და ასაკობრივი სტრუქტურით და მკვდარი მერქნის არსებობით (მნიშვნელოვანი მრავალი სხვა სახეობის უხერხემლო და ხერხემლიანი ცხოველისთვის).
გარეული კატის რეგულარული არსებობა მოსალოდნელია ყველა ხნოვან წიფლნარ და შერეულ ტყეში არაგვის დაცული ლანდშაფტის დაბალ სიმაღლეებზე (საკუთარი დაკვირვებები).
ევრაზიული წავი (Lutra lutra) საქართველოს წითელი ნუსხის სახეობა, რომელიც ბინადრობს გამდინარე წყლებში და წარმოადგენს, მდინარის კალმახთან ერთად, მდინარის ეკოსისტემის ხარისხის კიდევ ერთ კარგ ინდიკატორს.
მისი არსებობა მოსალოდნელია ყველა შესაფერის მდინარესა და ნაკადულში საკმარისი საკვების მიწოდებით (ანუ თევზების პოპულაციებით), განსაკუთრებით არაგვის დაცული ლანდშაფტის დაბალ და საშუალო სიმაღლეებზე.
კავკასიური არჩვი (Rupicapra rupicapra caucasica) ენდემური ქვესახეობა გვხვდება როგორც დიდი, ისე მცირე კავკასიონის უმაღლეს სიმაღლეებზე, და მისი პოპულაციის რიცხოვნობა მკვეთრად შემცირდა გასული საუკუნის განმავლობაში. უდიდესი საფრთხე მოდის ბრაკონიერობისა და ჰაბიტატების დაკარგვისგან.
არჩვის არსებობა არაგვის დაცულ ლანდშაფტში აღნიშნულია მაღალ სიმაღლეებზე მთელ ტერიტორიაზე, მაგრამ განსაკუთრებით დაცული ლანდშაფტის ჩრდილოეთ საზღვრის გასწვრივ.
გარდა ველური სახეობების ბიომრავალფეროვნებისა, არაგვის დაცული ლანდშაფტი ასევე მნიშვნელოვანია უნიკალური აგრობიომრავალფეროვნების გამო, მათ შორის ადგილობრივი ხეხილის, მარცვლეული კულტურებისა და ცხოველთა ჯიშების.
რაც შეეხება მესაქონლეობას, ძალიან მნიშვნელოვანია ადგილობრივი ჯიშის (ქართული მთის ძროხა) არსებობა. მიუხედავად იმისა, რომ ჯიში თითქმის გაქრა თავისი სუფთა ფორმით, ბოლოდროინდელი პროექტები ცდილობენ მის მოძიებასა და აღდგენას. ქართული მთის რუხ ფუტკარს ერთ-ერთი გავრცელების ცენტრი აქვს ფშავსა და ხევსურეთში.
რაც შეეხება მარცვლეულის მოყვანას, არაგვის ტერიტორიაზე დადასტურებულია ხორბლის რამდენიმე ძველი ჯიში – მაგ. ასლი (Triticum dicoccum) და დიკა (T. carthlicum). ისტორიულად ასევე დადასტურებულია ფეტვის კულტურა (ქვრიმა – Setaria moriver troutcharica) და პარკოსნების უფრო მრავალფეროვანი მოყვანა (მაგ. ოსპი).
ზოგიერთი ადგილობრივი კულტივარი ან ჯიში შეიძლება ვიპოვოთ ტერიტორიაზე მოყვანილი ხეხილის მრავალ სახეობაში (Malus sp. div., Prunus sp. div., Pyrus sp. div.). თუმცა, მთებში მოყვანილი ხეხილის მრავალფეროვნების უფრო ღრმა ცოდნას სჭირდება შემდგომი კვლევა.